Родилась в городе Тетюхе Приморского края.
В 1948 году поступила в Иркутский мединститут.
«Я никогда не мечтала быть врачом, – рассказала Елена Евгеньевна в 2007 году корреспонденту газеты «Николаевский проспект». — Я просто всегда знала, что буду им. Семья сумела воспитать во мне даже философское отношение к жизни. Воспринимать любые знания, любые жизненные ситуации как часть глобального целого. Философия очень помогла в моём становлении в качестве хирурга. Ведь сердце – это один из органов человеческого организма, и к любым болезням нужно всегда подходить с этой точки зрения, комплексно решая задачи лечения пациентов. Я думаю, в будущем медицинские проблемы станут предметом изучения философов…»
Доктор медицинских наук, член-корреспондент РАМН, академик РАЕН, профессор, почётный директор Новосибирского научно-исследовательского института патологии кровообращения им. академика Е.Н. Мешалкина. Автор 27 авторских свидетельств и 57 патентов на изобретения, более чем 550 научных статей и 7 монографий. Заслуженный деятель науки Российской Федерации. Первый Лауреат премии «Призвание» (2007) в номинации «За верность профессии».
В кардиохирургию Елена Евгеньевна пришла с опытом общей хирургии.
В Иркутске она создала отделение урологии на базе городской клиники, изучила бронхо-лёгочную хирургию и гематологию, много раз ассистировала при нейрохирургических операциях. «При осмотре пациента я не могу удовлетвориться простой констатацией того, что у него, предположим, повредился какой-то сосуд. Я должна узнать об этом человеке всё с самого рождения, чтобы понять причину, почему именно этот сосуд оказался повреждённым».
В 1966 году была избрана по конкурсу младшим научным сотрудником НИИПК и переехала в Новосибирск. Там наставником её, а впоследствии и мужем, стал академик Е. Н. Мешалкин. Под его руководством в 1973 году Елена Евгеньевна защитила кандидатскую диссертацию, а через десять лет в Вильнюсе – докторскую.
Тысячи проведённых операций, создание новых методов диагностики и лечения сердечно-сосудистых заболеваний, руководство Институтом в самые сложные для отечественного здравоохранения кризисные 90-е годы…
«Оглядываясь назад, – говорит Елена Евгеньевна, – я вспоминаю свою жизнь как непрерывную работу, на пределе человеческих сил. Но работа хирурга – это сначала работа мысли, а уже потом – физический труд. Мне действительно приходилось очень много работать, чтобы выдерживать жесточайшую конкуренцию. Работать и руками, и головой. Мужчина в кардиохирургии ещё может как-то пробиться, раздвигая своих конкурентов плечами, а женщина всё должна доказывать делами. Поэтому, когда меня спрашивают, как в моей профессии добиться признания, я говорю: больше думай!»
Елена Евгеньевна сумела отстоять позиции своего уникального коллектива, внесла собственный вклад в разработку кардиохирургических технологий, воспитала два поколения сердечно-сосудистых хирургов, в чьи руки, собственно, и передала бесценное наследие академика Е. Н. Мешалкина – один из крупнейших кардиохирургических центров страны.
В годы практической работы Елены Евгеньевны в силу несовершенства анестезиологических технологий того времени многие операции проходили в условиях постоянного дефицита времени, требовали огромных умственных и физических усилий, сильнейшей концентрации и напряжения, но талантливые руки Елены Евгеньевны спасли тысячи маленьких пациентов. Она работала нежно, деликатно, она неотрывно чувствовала хрупкий и тонкий материал детских, ослабленных болезнью сердец.
«Я поняла, в чём смысл жизни, – сказала в одном из своих интервью Елена Евгеньевна. — В самосовершенствовании. В спасении собственной души. А это значит – делать добро. Я провела около 10000 операций, и если не видела человеческой души, то часто ощущала её присутствие. Я многое поняла в этой жизни и сегодня точно знаю, что смерть уносит только человеческую плоть. Душа, или космическая энергия, остаётся. И очень важно для нас, чтобы эта энергия несла добро…»
В 1999 году Елена Евгеньевна оставила институт и сосредоточилась на консультативной и просветительской работе. Многолетняя её работа отмечена орденом Трудового Красного Знамени, медалью «За доблестный труд», двумя медалями ВДНХ, большой медалью Токийского университета.
В книге «О школе Е. Н. Мешалкина (философские аспекты деятельности учёного)» Елена Евгеньевна внимательно исследовала основные пути реализации творчества учёного: роль личности, проблема выбора, философские и общечеловеческие позиции, другими словами, всё то, что, собственно, и приводит талантливого человека к успеху.