Родился 7 октября 1940 года в г. Мончегорске Мурманской области.
На первом этапе профессиональной деятельности (1957-1959 гг.) работал электрослесарем локомотивного депо в пос. Кушмурун Кустанайской области.
В 1965 году окончил Томский институт радиоэлектроники и электронной техники по специальности «Радиоэлектронные устройства». Радиоинженер.
Более 45 лет трудовой деятельности посвятил радиоэлектронной промышленности, стандартизации и метрологии.
По окончании института по распределению был направлен на п/я № 17 г. Омска (в настоящее время ОАО «Центральное конструкторское бюро автоматики»). Прошёл все стадии профессионального пути от молодого специалиста до ведущего конструктора-разработчика полуавтоматической станции контроля изделия, устанавливаемого на самолёте Ту-22М. Участвовал в разработке контрольно-измерительной аппаратуры для проверки специального оборудования космических аппаратов, работал на полигоне в Плесецке, Актюбинске, участвовал в запусках спутников «Космос-200», «Космос-250».
В 1976 году по направлению промышленного отдела области переведён главным инженером на Омский прибороремонтный завод системы Госстандарта СССР. При его непосредственном участии завод был преобразован в приборостроительное предприятие по выпуску эталонных средств измерения температуры, крутящего момента, расхода жидкости, измерения влажности зерна, эталонных мер сопротивления СВЧ-диапазона, ранее не выпускавшихся в стране. За вклад в освоение, модернизацию метрологического оборудования и техническое развития завода большая группа работников завода была удостоена золотых и серебряных медалей ВДНХ СССР.
С целью дальнейшего развития завода и метрологического обеспечения электронной промышленности страны по инициативе В. А. Никоненко и при поддержке федеральных ведомств на предприятии в течение 1985-1990 годов была построена и оснащена современным технологическим оборудованием лаборатория микроэлектроники – единственная в системе Госстандарта СССР. Разработано и изготовлено необходимое метрологическое оборудование для аттестации эталонных мер длины микронного диапазона.
В 1994 году В. А. Никоненко был назначен директором опытного завода «Эталон» (с 2003 года – ОАО «Научно-производственное предприятие «Эталон»). С этого времени началась структурная перестройка производства. Завод стал специализироваться на выпуске рабочих средств измерения температуры, эталонного метрологического оборудования для температурных измерений в диапазоне от –200 °С до +2500 °С (датчики температуры, термостаты, регуляторы, калибраторы, печи, установки и т. д.).
На заводе созданы отдел маркетинга, специализированное конструкторское бюро, разработки которого тесно связаны с приоритетными направлениями развития науки и техники. За счёт собственных средств разработано и освоено серийное производство более 160 типов датчиков температуры, более 7000 модификаций. Восстановлено производство эталонных мер СВЧ-диапазона и мер микронного диапазона. Постоянно наращивая производство, завод выпускает продукцию для предприятий химического, металлургического, топливно-энергетического комплексов, а также авиационной, радиоэлектронной и других отраслей машиностроения, реализация которой осуществляется в России, Казахстане, Белоруссии, Украине.
Коллективом предприятия создаётся инновационный комплекс средств воспроизведения единицы температуры, её передачи, измерения, преобразования и регулирования. Продукция востребована по пяти видам измерения: температура, теплопроводность, тепловые потоки, радиоизмерения СВЧ-диапазона и меры микронного диапазона. Кроме рабочих средств измерения предприятие выпускает 23 государственных вторичных эталона, которые применяются для организации поверочных работ и обеспечения сохранности и наименьшего износа государственных эталонов.
ОАО «НПП «Эталон» под руководством В. А. Никоненко входит в число ведущих российских производителей оборудования для калибровки и измерения температуры. Объём инновационной продукции в последние годы составляет более 30%.
Завод одним из первых в регионе среди предприятий машиностроения в 1999 году получил сертификат соответствия системы менеджмента качества ИСО 9001:2000 и ГОСТ Р ИСО 9001-2001.
Предприятие постоянно участвует в различных выставках, в том числе в «ВТТВ-Омск». Награждено рядом престижных наград и дипломов, среди них девять золотых медалей. В 2010 году получило сертификат лидера экономики за превосходство в отрасли и развитие экономики страны. Последние три года инженеры предприятия становились победителями во всероссийском конкурсе «Инженер года».
В. А. Никоненко является членом-корреспондентом Метрологической академии (с 2004 года), председателем ГЭК на радиотехническом факультете ОмГТУ. Кандидат технических наук (2006 г.). Оформил 17 патентов на полезную модель.
Награждён орденом Почёта (2001 г.), медалями: «За доблестный труд. В ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина» (1970 г.), «Ветеран труда» (1987 г.), золотой медалью ВДНХ (1990 г.), знаком «За заслуги в стандартизации» (1997 г.), орденом «Звезда экономики России» (2010 г.). Присвоены звания: «Лучший менеджер Российской Федерации (2000 г.), «Заслуженный работник промышленности Омской области» (2007 г.), Заслуженный метролог Российской Федерации (1997 г.).
Никоненко Владимир Афанасьевич // Омские инженеры. Дела и судьбы / [Редкол.: Ю. В. Кривошеин и др.]. — Омск : Русь, 2012. — 163, [1] с. : ил., портр. —
С. 102-103.