Родился 29 октября 1963 года в г. Омске.
Окончил электротехнический факультет Омского политехнического института в 1985 году по специальности «Информационно-измерительная техника». Инженер-электрик. Кандидат технических наук.
С 1985 по 1991 годы работал на инженерных должностях в Омском филиале НИАТ. С 1991 по 2003 годы – начальник отдела диагностических систем в Научно-производственном центре «Динамика», с 2003 года – заместитель генерального директора по науке.
С 1985 года принимал участие в разработке и внедрении приборов оценки шума поршневых компрессоров домашних холодильников по параметрам вибрации, приборов серии «РАПИД» для вибродиагностики шестерённых топливных насосов.
С 1989 года активно участвовал в разработке и внедрении систем компьютерного мониторинга для решения проблем безаварийной эксплуатации насосно-компрессорного оборудования ПО «Омскнефтеоргсинтез». В результате успешного внедрения первых систем в июне 1991 года совместно с коллегами основал научно-производственный центр «Диагностика, надёжность машин и комплексная автоматизация» – НПЦ «Динамика», в котором работает по настоящее время заместителем генерального директора по науке.
Постоянно осваивает новые технологии, применяемые в разработке программного и аппаратного обеспечения, владеет языками и технологией программирования, самостоятельно разрабатывает наиболее ответственные программные модули систем.
В 1998 году за работу «Стационарные системы непрерывного мониторинга безопасной эксплуатации машинного оборудования потенциально опасных производств химической, нефтехимической и нефтегазоперерабатывающей промышленности» и широкое внедрение стационарных систем мониторинга и вибродиагностики «КОМПАКС®» С. Н. Бойченко в составе коллектива авторов был удостоен премии Правительства Российской Федерации в области науки и техники.
В 2000 году окончил заочную аспирантуру Омского государственного технического университета, а в 2006 году без отрыва от производства подготовил и успешно защитил в ОмГТУ диссертацию на степень кандидата технических наук по теме «Контроль и мониторинг технического состояния центробежного насосного агрегата по спектральным параметрам вибрации».
С 1989 года является ведущим специалистом НПЦ «Динамика» в области программно-аппаратного обеспечения, обработки сигналов и экспертных систем диагностики, занимается разработкой и принимает активное участие во внедрении стационарных и персональных систем диагностики и комплексного мониторинга оборудования на различных промышленных предприятиях России и за рубежом, новизна и эффективность которых подтверждена патентами на изобретения и опытом эксплуатации.
В результате научной деятельности разработал и успешно внедрил в составе систем диагностики и мониторинга модели и алгоритмы автоматической идентификации конструктивных параметров, частоты вращения, частот дефектов по параметрам вибрации центробежных насосных агрегатов различных отраслей промышленности.
Разработанные подходы, созданные им в соавторстве, и полученные результаты, регламентирующие порядок построения и основные технические требования к системам мониторинга агрегатов опасных промышленных объектов, методы обеспечения контролепригодности, вибрационные нормативы и классы технического состояния, методы установки датчиков и перечень измеряемых параметров, изложены в двух стандартах Ассоциации «Ростехэкспертиза». Введена система диагностических признаков, инвариантных к типу диагностируемых роторных машин.
В последнее время основным направлением деятельности С. Н. Бойченко является разработка и внедрение систем диагностики и мониторинга для металлургической и горной промышленности, на предприятиях энергетического комплекса. В ходе разработки и внедрения уникальной системы мониторинга технического состояния колёсопрокатного стана впервые в отечественной практике были решены задачи диагностики состояния в реальном времени электродвигателей, редукторов, эджерных валов и обрабатывающего инструмента на рабочем режиме прокатки колёс в широком диапазоне изменения нагрузок и скоростей. В АК «Алроса» внедрена система мониторинга состояния главных шахтных вентиляторов, которая успешно эксплуатируется в течение многих лет.
В рамках научной деятельности в настоящее время разрабатывает новые решения и алгоритмы в области построения экспертных систем, повышающие их достоверность и лёгкость использования в условиях реального производства.
Автор 5 патентов на изобретения и промышленный образец, 13 свидетельств о регистрации программ на ЭВМ, книги (в соавторстве), более 40 печатных работ.
Бойченко Сергей Николаевич // Омские инженеры. Дела и судьбы / [Редкол.: Ю. В. Кривошеин и др.]. — Омск : Русь, 2012. — 163, [1] с. : ил., портр. —
С. 24-25.